Работал в Государственном департаменте США, в 1990-е занимался координированием борьбы с терроризмом, был советником президентов.

Получил широкую известность за свою роль в деятельности по борьбе с терроризмом при администрациях Клинтона и Буша-мл. (контртеррористический «царь»). В марте 2004 года выступил в передаче CBS 60 минут, издал мемуары «Против всех врагов: Война Америки с терроризмом», посвященные его службе в правительстве, и выступил перед комиссией по расследованию терактов 9/11. Во всех трех случаях Кларк чрезвычайно резко отозвался о деятельности администрации Дж. Буша по борьбе с терроризмом и обвинил её в полном игнорировании угрозы от Аль-Каиды перед атаками 11 сентября.